Desde enero de 2019, la sede del CDIJUM es el conjunto arquitectónico conformado por la sinagoga Rodfe Sedek, también conocida como el Knis de Córdoba, y el Edificio Charles y Alegra El-Mann, ubicado en la calle de Córdoba (en la colonia Roma de la Ciudad de México). El diseño y la construcción fueron obra de los arquitectos Ezra Cherem y Alan Cherem.
La sinagoga, que fue generosamente cedida por la Comunidad Maguen David (conformada por los judíos originarios de Alepo, Siria, y sus descendientes).
Fue fundada en 1931 (precisamente por la Comunidad Maguen David, entonces denominada Sociedad de Beneficencia Sedaká u Marpé).
Y dio abrigo no sólo a un templo, sino que también fue sede de una de las primera mikves (la mikve es el baño ritual judío) que hubo en nuestro país, y que actualmente es posible visitar.
En ella se encuentran la biblioteca, la hemeroteca, los archivos documentales, auditivos, audiovisuales (de historia oral, música y películas), el fondo reservado y la sala de consulta del CDIJUM.
En su momento, en el predio adosado a la sinagoga hubo un colegio y, más tarde, una casa funeraria. Ahí es donde se levanta hoy en día el Edificio Charles y Alegra El-Mann, donde se encuentran las oficinas, así como el auditorio Rubén y Bertha Goldberg, en el que hay aforo para 90 personas.
